Rozkazem z dnia 16 lipca 1916 roku został mianowany chorążym i skierowany do służby w Chełmie, w charakterze komisarza werbunkowego Legionów. Akcję werbunkową prowadził nawet po kryzysie przysięgowym, kolejno we Włocławku i Łukowie. Tam też zastał go koniec wojny.
Opis pierwszego okresu życia Kwiatkowskiego nie byłby pełny, gdybyśmy nie dodali, że w 1913 roku poślubił Leokadię Glazer. Małżeństwo okazało się udane i szczęśliwe. Państwo Kwiatkowscy byli przykładną parą. Z ich związku urodziło się troje dzieci: syn Jan oraz córki Hanna i Ewa.
Pupilek Mościckiego
Już w niepodległej Polsce Kwiatkowski stał się jednym z pionierów polskiego przemysłu chemicznego. Podczas wojny polsko-bolszewickiej pracował w Głównym Urzędzie Zaopatrzenia Armii przy Ministerstwie Spraw Wojskowych, jako kierownik wydziału Sekcji VI Chemicznej. Miał wtedy okazję poznać większość problemów tej gałęzi odradzającego się polskiego przemysłu.
Drugą jego ówczesna pasją stało się przetwórstwo węgla.
W tym czasie Kwiatkowski poznał Ignacego Mościckiego, późniejszego prezydenta Polski. Znajomość ta, poza osobistymi uzdolnieniami młodego inżyniera, zaważyła na całym jego życiu. Na zawsze pozostał też wierny słowom Mościckiego wygłoszonym u zarania niepodległości (a aktualnym do dzisiaj): „Musimy sobie jasno zdawać sprawę z tego, że przy obecnym stanie ekonomicznym długo niezależności państwowej nie utrzymamy. Sama obrona granic zewnętrznych, nawet najświetniejsza, nie zabezpieczy nas jeszcze od niewoli, o ile nie potrafimy utrwalić niezleżności gospodarczej. Historia daje nam dostateczną ilość dowodów, że w ślad za zależnoscią gospodarczą musi przyjść wkrótce zależność polityczna.”
Znajomość z Mościckim miała jednak nie tylko ideowy charakter. Roztaczał on bowiem nad Kwiatkowskim swoisty parasol bezpieczeństwa, szczególnie kiedy był prezydentem RP, a Kwiatkowski piastował stanowiska ministerialne. W tym czasie miał zwyczaj co tydzień spotykać się z nim. Kwiatkowski referował mu aktualny stan gospodarki państwa. Mościcki zawsze brał pod uwagę jego zdanie. Złośliwi mówili o nim wprost „pupilek Mościckiego”. Rozpuszczali też plotki, że w przyszłości ma go zastąpić na fotelu prezydenckim.
Na początek jednak, Kwiatkowski został dyrektorem technicznym i szefem oddziału ekonomicznego Państwowej Fabryki Związków Azotowych w Chorzowie, którym zarządzał Mościcki. Stanowisko to zajmował do 1926 roku. W tym czasie doprowadził zakład do rozkwitu.
Mościcki zapamiętał to sobie, w efekcie czego Kwiatkowski, tuż po przewrocie majowym, został mianowany ministrem przemysłu i handlu. Funkcję tę sprawował przez cztery lata, udawadniając swoim działaniem, że jego patron się nie mylił. To właśnie w tym okresie Kwiatkowski dał się zapamiętać jako „ojciec Gdyni”. Choć bowiem budowa pierwszego dużego i całkowicie polskiego portu trwała już kiedy Kwiatkowski został ministrem, to dopiero on nadał jej dynamizmu i rozmachu. Minister robił dosłownie wszystko co było w jego mocy, aby stworzyć w Polsce gospodarkę morską z prawdziwego zdarzenia. Połączył np. Gdynię ze Śląskiem magistralą kolejową, którą wożono polski węgiel.
Stosunek do morza miał Kwiatkowski niemal mistyczny. Tak wspomina np. zaślubiny Polski z morzem: „W bezbarwny, mglisty, deszczowy dzień 10 lutego 1920 roku szły sztandary Rzeczypospolitej od Pucka ku wybrzeżom zimnym i stalowym – witać Morze Polskie, szły wojska szare i błękitne, piesze i konne, przesycone radością i śpiewem, nicierpliwe widoku morza, tej granicy panstwa, która niczego nie odgranicza, niczego nie dzieli, nie oddala, nie łamie, lecz wszystko łączy i zbliża.”
W trakcie pracy ministerialnej Kwiatkowski ujawnił cechy, które nie mogły się podobać w sanacyjnej rzeczywistości. Przede wszytkim na pierwszym miejscu stawiał pracę. Po drugie działał dla idei polski morskiej. Nic innego się nie liczyło. Dla niej był w stanie współpracować z każdym, niezależnie od jego poglądów politycznych. I tak np. w Ministerstwie Skarbu jego zastępcami byli: liberał, konserwatysta ziemiański i narodowy demokrata.
Osoba taka może stać się łatwym celem ataków. I tak też się stało. W 1930 roku Kwiatkowski musiał odejść z ministerstwa. Został mianowany naczelnym dyrektorem Państwowej Fabryki Związków Azotowych w Mościcach koło Tarnowa. Stanowisko to zajmował pięć lat, po których wrócił do rządzenia państwem, tym razem jako wicepremier do spraw gospodarczych i minister skarbu. Na tym stanowisku zastał go wybuch drugiej wojny światowej.
