Centrum Operacji Morskich obchodzi dziesiątą rocznicę utworzenia. COM jest odpowiedzialne za planowanie i dowodzenie operacyjne wydzielonymi siłami MW, koordynację sił przydzielonych do działań pokojowych i stabilizacyjnych oraz za pełnienie Dyżurnej Służby Operacyjnej Marynarki Wojennej. Ponadto współpracuje z pozamilitarnymi organami państwa w zakresie ratownictwa morskiego, reagowania kryzysowego oraz kontroli żeglugi morskiej.
Głównym zadaniem Centrum Operacji Morskich jest dowodzenie wydzielonymi siłami Marynarki Wojennej. W ramach działalności codziennej - poza planowaniem i koordynacją działalności sił MW, jako jednostka wojskowa COM uczestniczy w treningach i ćwiczeniach własnych, wspólnie z innymi jednostkami, w wymiarze zarówno narodowym , sojuszniczym jak i międzynarodowym. Żołnierze Centrum Operacji Morskich biorą udział w konferencjach, współdziałają w tworzeniu lub wdrażaniu różnego rodzaju systemów z zakresu dowodzenia, współpracy, doradztwa dla żeglugi i ruchu lotniczego, jak również łączności, analizy skażeń oraz logistyki, ratownictwa morskiego, reagowania kryzysowego. To właśnie w Centrum Operacji Morskich koordynowane są akcje ratownicze na morzu z udziałem śmigłowców ratowniczych MW, a także kierowanie pododdziałów brzegowych MW do interwencji na wypadek klęsk żywiołowych. Służby COM realizują również zadania z zakresu zabezpieczenia hydrometeorologicznego sił Marynarki Wojennej.
Centrum Operacji Morskich prowadziło nadzór nad działalnością polskich okrętów w ramach operacji Enduring Freedom i Iraqi Freedom oraz w ramach operacji antyterrorystycznej Active Endeavour. COM wydziela ponadto siły do wsparcia Dyżurnej Służby Operacyjnej Połączonego Dowództwa NATO w Neapolu. Oficerowie z Centrum Operacji Morskich współpracują również m.in. z dowództwem komponentów morskich w systemie sojuszniczym NATO w Northwood.
Centrum Operacji Morskich sformowano 1 lipca 2002 roku na podstawie decyzji ministra obrony narodowej z dnia 24 stycznia 2002 roku i rozkazu dowódcy Marynarki Wojennej z dnia 2 kwietnia 2002 roku. COM utworzono w celu reorganizacji systemu dowodzenia i jego dostosowania do standardów NATO z połączenia istniejącego Stanowiska Dowodzenia Marynarki Wojennej wzmocnionego wydzielonymi strukturami Sztabu i Logistyki Marynarki Wojennej. W ciągu pierwszych dwóch lat funkcjonowania zadania COM były rozszerzane i zmieniane, co w efekcie doprowadziło do gruntowniej restrukturyzacji jednostki, która miała miejsce 1 lipca 2004. Od tej daty Centrum Operacji Morskich funkcjonuje w obecnej formie - dowództwa i dwóch pionów (planowania operacji i działań bieżących) oraz sztabu. Również w lipcu 2004 roku Centrum Operacji Morskich osiągnęło gotowość operacyjną, czyli przejęło dowodzenie operacyjne siłami MW.
Pierwszym dowódcą COM był kontradmirał Marian Prudzienica. W styczniu 2004 roku dowódcą COM został admirał floty Jędrzej Czajkowski, który funkcję tę sprawował do stycznia 2005 roku. W kwietniu 2005 roku dowódcą jednostki został wiceadmirał Marek Brągoszewski. Po ponad dwóch latach dowodzenia Centrum, w sierpniu 2007 roku przekazał obowiązki swojemu następcy - kontradmirałowi Ryszardowi Demczukowi. Od sierpnia 2008 roku do sierpnia 2010 roku dowódcą Centrum Operacji Morskich był wiceadmirał Jerzy Patz. Obecnie jednostką dowodzi kontradmirał Stanisław Zarychta.